取引先ごとに発注書のテンプレートを変えられますか？

はい、変えられます。取引先詳細画面の「帳票テンプレート」タブを開き、「取引先別のテンプレートを使用」をオンにしてテンプレートを選択します。オフの場合はシステムのデフォルトテンプレートが使われます。現在、取引先別テンプレートは発注書のみ対応しています。

取引先別テンプレートを無効にするにはどうすればいいですか？

取引先詳細の「帳票テンプレート」タブで「取引先別のテンプレートを使用」をオフにしてください。オフにするとデフォルトのテンプレートが使用されます。

テンプレート自体を作成・編集するにはどこから操作しますか？

帳票テンプレートの作成・編集は別の設定画面から行います。取引先の「帳票テンプレート」タブではテンプレートの割り当てのみが可能です。